Seniūnijos centras – Upninkų kaimas (1200 žm.). Iš viso seniūnijoje yra 45 kaimai, didesni iš jų: Upninkėliai (105), Keižonys (98), Kunigiškiai (88), Pakalniškiai (74).
Plotas: 17 341 ha, iš jų 57 proc. užima miškai, 31 proc. - žemės ūkio naudmenos, 12 proc. - vandenys ir kitos paskirties plotai.
Upninkai yra įsikūrę Šventosios kairiajame krante, apie 15 km į rytus nuo Jonavos. Manoma, kad vietovės vardas kilo nuo žodžio upė, nesši teritorija yra Šventosios, Širvintos, Neries ir mažesnių upelių apsuptyje. Per seniūnijos teritoriją teka upelis Lietava, nuo kurio vardo kildinamas Lietuvos vardas. Upninkų gyvenvietė nuo XX a. vidurio – apylinkės, šiuo metu seniūnijos, centras.
Upninkų apylinkėse gyventa nuo seno: tai liudija gausūs archeologiniai paminklai, akmens amžiaus stovyklos, išlikę piliakalniai, pilkapiai, senovės gynybiniai įtvirtinimai ir kt. Rašytiniuose šaltiniuose Upninkų vardas minimas XV a. pirmoje pusėje, kai Upninkų dvaras priklausė didikams Astikams, vėliau Radviloms, Petrauskams ir kitiems savininkams. Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės 1613 m. žemėlapyje Rytų Lietuvos šiaurės dalyje pažymėtos 26 gyvenvietės, kurių tarpe yra ir Upninkai su maldos namais. Pirmoji bažnyčia pastatyta apie XV a. vidurį tuometinio dvaro savininko Astiko Radvilaičio. 1750 m. Šv. Mykolo Arkangelo maldos namai buvo atnaujinti. 1781 m. parapijai priklausė 2341 tikintysis. Tuo metu čia veikė parapijinė mokykla.
Upninkus dažnai siaubdavo gaisrai. 1807 m. sudegė didžioji jų dalis kartu su bažnyčia. Kol atstatinėjo bažnyčią, pamaldos vyko klebonijoje įrengtoje koplyčioje. Po 1831 m. sukilimo nuslopinimo carinė valdžia ją uždarė. Vėl kilęs gaisras sunaikino gyvenamuosius namus, spirito varyklą, kelias smukles ir krautuves, kleboniją. Sveikas liko tik iš lauko akmenų pastatytas dvaro grūdų sandėlis. Pavargę nuo nelaimių, upninkiečiai pradėjo atstatinėti sodybas dabartinėje vietoje, o klebonas, savininkui leidus, pradėjo sandėlio pritaikymo bažnyčiai darbus. Šventovės interjeras buvo papuoštas vertingais sakralinio meno kūriniais, išgelbėtais iš sudegusių maldos namų: 1665 m. datuojamu žalvariniu varpu, XIX a. pirmos pusės parapijos globėjo Šv. Mykolo Arkangelo paveikslu, medinėmis XIX a. Šv. Marijos, „Vienuolio su knyga" ir kt. skulptūromis. 1844 m. rusų valdžiai areštavus kleboną ir neleidus skirti kito, parapijos ganytojiška veikla buvo sustabdyta iki 1867 m., kol vyskupas Motiejus Valančius išrūpino generalgubernatoriaus leidimą religinėms apeigoms. Po 1863 m. sukilimo mokykla buvo surusinta, uždrausta lietuvių kalba ir spauda, tačiau savo veiklą pradėjo knygnešiai, iš Prūsijos gabenę draudžiamą lietuvišką literatūrą. Vienas žymiausių šio krašto knygnešių buvo Vareikių kaime gimęs Juozas Vareikis.
Pirmojo pasaulinio karo metais, vokiečiams užėmus Upninkus, klebono rūpesčiu 1915 m. pavyko atkurti pradinę mokyklą, kurią pradėjo lankyti apie 30 vaikų.
1918 m., atkuriant Lietuvos valstybę, susibūrė Upninkų komitetas, naujai formuojamos Lietuvos kariuomenės gretas papildė ir upninkiečiai savanoriai. Nepriklausomybės metais prie bažnyčios įsikūrė parapijos choras, iki pat sovietų okupacijos veikė pavasarininkų, šaulių padaliniai, vyko kultūriniai renginiai.
Abiejų okupacijų metai skaudžiai palietė Upninkų bei apylinkės gyventojus. 1941 m. rugpjūčio – rugsėjo mėnesiais naciai išžudė Upninkuose gyvenusius žydus. Karo metais Upninkų klebonas J. Šereiva klebonijoje slėpė žydų šeimą. Dar nesibaigus karui, Upninkų bei Santakos miškuose kovai su bolševikais pradėjo kurtis rezistentų būriai. 1945 m. kovo 2 d. NKVD vidaus kariuomenei „šukuojant" mišką prie Gudonių kaimo, į mūšį stojo apie 70 E. Svilo – Slyvos būrio partizanų. Buvo nukauti 36 partizanai ir sudeginta rėmėjų šeima. Šioje vietoje pastatytas atminimo kryžius. Tų pačių metų kovo 4 d. miške, prie Būdos k., rusų šaulių pulkas nukovė 7 laisvės karius. Už rezistentų rėmimą bei palaikymą į Rusijos gilumą buvo ištremta daug Upninkuose ir apylinkėse gyvenusių šeimų.
Pokario metais Upninkai tapo tarybinio ūkio centrine gyvenviete. Veikė aštuonmetė mokykla, biblioteka, paštas, kultūros namai, ambulatorija ir kt. Gyventojų skaičius pradėjo didėti po 1963 m., kai per Šventąją buvo pastatytas tiltas.
Šiuo metu gyvena apie 2000 žmonių, iš kurių apie 1200 - seniūnijos centre. Veikia pagrindinė mokykla, vaikų darželis, ryšių skyrius, kultūros centras, ambulatorija, girininkija, biblioteka, bendruomenės namai, bažnyčia, trys parduotuvės, steigiamas socialinių paslaugų centras. Seniūnijos teritorijoje yra dvi sentikių cerkvės, įkurta keletas individualių įmonių, dvi žemės ūkio bendrovės, trys sodų bendrijos, UAB „Rizgonys". Šiandien Upninkai – tai patogi ir graži vieta gyventi, išsaugojusi išskirtinę gamtą vietovė. Reta šalies seniūnija gali pasipuikuoti savo teritorijoje turinti net tris draustinius: Upninkų valstybinį botaninį draustinį, Lietuvos valstybinį hidrografinį ir Šventosios valstybinį ichtiologinį draustinį.
Upninkai istorinio herbo niekada neturėjo. 2008 metais seniūnija, pasitarusi su bendruomenės taryba, kreipėsi į Lietuvos Heraldikos komisiją dėl Upninkų herbo sukūrimo. Dailininkas Rolandas Rimkūnas parengė Upninkų herbo etaloną, kurį Heraldikos komisija aprobavo.
Lietuvos Respublikos Prezidento Valdo Adamkaus 2008 m. gegužės 19 dienos dekretu Upninkų herbas patvirtintas.
UPNINKŲ SENIŪNIJOS SENIŪNAITIJOS
Upninkų seniūnaitija (seniūnaitė L. Šatienė)
Upninkėlių seniūnaitija (seniūnaitė A. Morkūnienė)
Kunigiškių - Pakalniškių seniūnaitija (seniūnaitis E.Stanevičius)
Padaigų seniūnaitija (seniūnaitis R.Paškauskas)