Pagrindinio ugdymo paskirtis - suteikti asmeniui dorinės, sociokultūrinės ir pilietinės brandos pagrindus, bendrąjį raštingumą, technologinio raštingumo pradmenis, ugdyti tautinį sąmoningumą, išugdyti siekimą ir gebėjimą apsispręsti, pasirinkti ir mokytis toliau (LR švietimo įstatymas, 10 str.).
Mokyklos, vykdančios pagrindinio ugdymo programą:
Jonavos Jeronimo Ralio gimnazija
Jonavos Senamiesčio gimnazija (Pagrindinio ugdymo programos II dalis)
Jonavos „Lietavos" pagrindinė mokykla
Jonavos Justino Vareikio pagrindinė mokykla
Jonavos Raimundo Samulevičiaus pagrindinė mokykla
Jonavos „Neries" pagrindinė mokykla
Jonavos r. Upninkų pagrindinė mokykla
Jonavos r. Ruklos Jono Stanislausko pagrindinė mokykla
Jonavos r. Žeimių pagrindinė mokykla
Jonavos r. Panoterių Petro Vaičiūno pagrindinė mokykla
Jonavos r. Barupės pagrindinė mokykla
Jonavos r. Bukonių pagrindinė mokykla
Jonavos r. Kulvos Abraomo Kulviečio pagrindinė mokykla
Jonavos r. Šveicarijos pagrindinė mokykla
Jonavos r. Užusalių pagrindinė mokykla
Jonavos suaugusiųjų švietimo centras
Jonavos miesto bendrojo lavinimo mokyklų aptarnaujamos teritorijos
Pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimo 2011-2012 m. m. rezultatai
2013 metų pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimo tvarkaraštis